2002 — совместное заседание Ученых Советов Университета ИТМО и Государственного оптического института им. С.И. Вавилова одобрили план создания нового учебного факультета Фотоники и оптоинформатики, преподавателями и сотрудниками которого стали в основном ученые ГОИ им. С.И. Вавилова: действительные члены Российской Академии наук (РАН) Е.Б. Александров, Ю.Н. Денисюк и Г.Т. Петровский, член-корреспонденты РАН А.М. Бонч-Бруевич и М.М. Мирошников. Возглавил новое структурное подразделение Сергей Аркадьевич Козлов, доктор физико-математических наук, профессор, известный специалист в нелинейной оптике и лазерной физике сверхкоротких импульсов.
2004 — факультет стал инициатором и организатором создания нового образовательного направления подготовки бакалавров и магистров в России – «Фотоника и оптоинформатика».
2007 — состоялся первый выпуск бакалавров направления подготовки "Фотоника и оптоинформатика".
2009 — состоялся первый выпуск магистров направления подготовки "Фотоника и оптоинформатика".
2013 — созданы международные подразделения в рамках реализации проекта 5в100: Международный институт "Фотоники и оптоинформатики" и Международный научно-образовательный центр "Физика наноструктур". В них учащиеся факультета проходят практику и трудоустраиваются на оплачиваемые должности.
2013 — выигран Мегагрант Правительства РФ для проекта "Анизотропные и оптически активные наноструктуры" в рамках сотрудничества международного научно-образовательного центра "Физика наноструктур" и профессора Университета Тринити-колледж (Дублин, Ирландия) Юрия Гунько.
2014 — начата подготовка магистров по совместным образовательным программам вместе с зарубежными вузами-партнерами В рамках реализации проекта 5в100.
2017 — запущена первая в России и СНГ многоузловая квантовая сеть под руководством руководителя лаборатории квантовой информатики международного института "Фотоники и оптоинформатики" Артура Глейма.
2018 — выигран Мегагрант Правительства РФ для проекта "Светоизлучающие углеродные квантовые наноструктуры" в рамках сотрудничества международного научно-образовательного центра "Физика наноструктур" и директора-учредителя Центра функциональной фотоники в Городском университете Гонконга профессора Андрея Рогача.
2021 — переименовам в факультет Фотоники, который возглавил Макаров Сергей Владимирович, один из самых молодых докторов наук в Университете ИТМО, соруководитель двух проектов, поддержанных программой Мегагрантов в 2017 и в 2021 году, лауреат премии Президента Российской Федерации для молодых ученых в 2019 году, лауреат премии Research Excellence Award Russia 2021 от издательского дома Elsiver за активную научную работу в области фотоники.